המשרד להגנת הסביבה אינו מפקח כראוי על מפעלים העוסקים בחומרים מסוכנים, כך עולה מדו"ח מבקר המדינה. בדיקות משרד המבקר העלו גם ליקויים רבים באיסוף המידע על תאונות שגרמו לדליפת חומרים מסוכנים ובפיקוח על תנאי האחסון וההובלה של החומרים. להערכת המבקר יש בישראל כמאתיים גורמים העוסקים בחומרים מסוכנים ובחלק מהמקרים אישר המשרד הארכת תוקף רישיון לחומרים מסוכנים ללא בדיקה.
אחת הבעיות העיקריות בתפקוד המשרד, על פי הדו"ח היא שהוא אינו יודע מה קורה בשטח מכיוון שמערכות איסוף המידע לקויות ואין לא אפשרות לערוך תחקור ראוי של האירועים. "אין בידי המשרד להג"ס (הגנת הסביבה) - לא במטה, לא במחוזות ולא במשטרה הירוקה - מיפוי של המפגעים הסביבתיים העיקריים הקיימים ברחבי הארץ. בשל כך מתקשה המשרד לעקוב אחר הפעולות שעושים הגורמים השונים להפסקת מפגעים אלה ולמניעת הפיכתם לאירועים המסוכנים לציבור", קובע המבקר.
למשרד להגנת הסביבה אין מערכת מסודרת של מעקב אחר תקלות בטיחות בתחום החומרים המסוכנים, וללא מידע מסודר ושיתוף פעולה עם הגורמים האחרים הוא אינו מסוגל להסיק מסקנות מהאירועים ולערוך תחקירים. לאחרונה הקים המשרד מערכת תחקירים אולם היא טרם החלה לפעול.
ליקויים נוספים אותם מצא המבקר:
המשרד קבע מדיניות להפרדה בין מאגרי חומרים מסוכנים אך הוא מיישם את התקנות בעצלתיים, כהגדרת המבקר.
המלצה להקמת מערכת לאומית לטיפול בחומרים מסוכנים לא יצאה לפועל
ההחלטה לחייב על מוביל חומרים מסוכנים במערכת איכון שתאפשר לכוחות חירום לאתר מידית את הרכב במקרה של תקלה, אינה מיושמת. טיפול בחומרים רדיולוגים (פולטי קרינה) נתקל בקשיים בשל חוסר אמצעים וחוסר בהירות לגבי הרשות האחראית לטיפול בחומרים אלה: כיבוי האש או המשרד להגנת הסביבה.
המלצות המבקר הן בעיקר להיערכות טובה יותר של המשרד להגנת הסביבה והרשויות האחרות לטיפול בחומרים המהווים סכנה לציבור, ולשיפור שיתוף הפעולה בין הגופים הרבים המעורבים בבקרה ובהגנה מפני נזקי החומרים המסוכנים. "על כל הגורמים הרלוונטיים - ובכלל זה המשרד להגנת סביבה, משרד הביטחון, פקוד העורף, המל"ל, המשרד לביטחון הפנים ומשרד האוצר - להירתם לקידום הקמתה של מערכת חומרים מסוכנים לאומית בהקדם האפשרי, על פי המטרות שקבעה ועדת שפיר", כתב המבקר. "לגבי הבטחת שינוע בטוח של חומ"ס, על המשרד להגנת הסביבה ומשרד התחבורה לשקול להפקיד את האחריות למתן האישורים לשינוע חומרים מסוכנים בידי מאסדר אחד. על המשרד להגנת הסביבה, משרד התחבורה והמטה ללוחמה בטרור לתאם ביניהם את כלל הדרישות ממובילי החומרים המסוכנים ולעגנן בדין. על משרד התחבורה להוסיף ללא דיחוי את הדרישה להתקנת מערכת איכון לכלל הדרישות לקבלת רישיון מוביל. כמו כן, על משרד התחבורה למלא, באמצעות נציגו, את תפקידו בקבוצת העבודה של המנחה הלאומי בנושא מדיניות שינוע חומרים מסוכנים.
בנושא הטיפול באירועים רדיולוגיים, על המל"ל, כגורם המתכלל את הנושא, ועל שר הביטחון כגורם הנושא באחריות כוללת לטיפול באירועי טרור בלתי קונבנציונאלי, להסדיר עניין זה ללא דיחוי נוסף, בשיתוף המשרד לביטחון הפנים, משרד האוצר, צה"ל, המשטרה, רשות כיבוי האש והמשרד להגנת הסביבה. על הגופים האמורים להגיע להסכמות לגבי חלוקת המשימות באירועים רדיולוגיים ולפעול לעיגון הסכמות אלה בהחלטת ממשלה מתאימה. אם יימשכו המחלוקות הבין-משרדיות, על המל"ל להעביר את הנושא בהקדם להכרעת ראש הממשלה.
על המשרד לבצע מעקב אחר מפגעים סביבתיים המהווים סכנה לציבור וכן לתחקר אירועים שהייתה בהם סכנה כאמור ולהפיק מהם לקחים".