מדדי הנדל"ן השונים מתפרסמים בדרך כלל בסמיכות זמנים, אבל מציגים נתונים שונים ולעתים אף מגמות סותרות ומעוררים תסכול בקרב רבים.
להבדלים יש סיבות, בעיקר מהבדלים בבסיס הנתונים ומתודות הניתוח והעיבוד שלהם. הנה רשימה מקוצרת של המדדים:
בין הלמ"ס, לשמאי ולמינהל ההכנסות
הלמ"ס - הלשכה המרכזית לססטיסטיקה מפרסמת ארבעה פרסומים עיקריים בתחום הדיור: מדד שירותי דיור בבעלות הדיירים, שנכלל במדד המחירים לצרכן ומתבסס על שינויים שנרשמים בשכר הדירה; מדד מחירי דירות בבעלות הדיירים - מדד דו-חודשי, שאינו נכלל במדד המחירים לצרכן ומתבסס על מדגם עסקות שבוצעו ביישובים עירוניים; מחירים ממוצעים של דירות בבעלות הדיירים - ממוצע של עסקות רבעוניות שבוצעו ביישובים עירוניים בדירות חדר וחצי-חמישה חדרים; ומדד מחירים ממוצעים של שכר דירה חופשי. הביקורת העיקרית כלפי ניתוחי הלמ"ס היא שהם מתבססים על נתוני מאגר מידע נדל"ן שמכונה כרמ"ן (כרטסת מחירי נדל"ן). מדובר במאגר בעייתי מבחינת אמינות, בכל הקשור לפרטי הנכסים שנמכרים.
השמאי הממשלתי - פרסום זה כולל בדיקה ממוקדת רבעונית של מחירי דירות ארבעה חדרים בכ-15 ערים. לצרכים של רוכשי ובעלי דירות, דו"ח זה הוא הטוב ביותר. חסרונו הבולט הוא שאף הוא מתבסס על כרמ"ן, על כל הבעיות שבו. יתרונותיו הם הסלקציה שהוא עורך בנתונים והפילוח הגיאוגרפי שלו, שהוא הטוב ביותר.
מינהל הכנסות המדינה - מדד זה אינו מתבסס על מאגר המידע כרמ"ן, אלא על כלל העסקות על דירות שבוצעו בשוק. מבחינה זו הוא הטוב ביותר - הוא משקף בצורה הטובה ביותר את רמות המחירים בשוק בתקופה נתונה. מינהל הכנסות המדינה מנצל גם את המידע שבידיו לסקירות חשובות מאוד בנושאים ספציפיים, כגון הפרדת השוק בין דירות חדשות לדירות יד שנייה, קבוצות הרכישה, המשקיעים והזוגות הצעירים.
עם זאת, המידע של מינהל הכנסות המדינה נותר ברזולוציות נמוכות מאוד בפרמטרים החשובים ביותר - סוגי הדירות, גודלן ומיקומן - ועל כן השימוש בו טוב בעיקר לצרכים מאקרו-כלכליים.