5 שנים לאחר שרכשה 30% מחברת אלישרא במחיר תמוה ובעבודת דירקטוריון מרושלת, נאלצת התעשייה האווירית להנחית את שווי אחזקתה בחברה המפסידה למציאות. רשות ני"ע הורתה לתעשייה האווירית לבצע הפרשה של 120 מיליון שקל בגין השקעתה באלישרא. הדרישה הופנתה לתעשייה האווירית כחלק מתהליך אישור תשקיף להנפקת אג"ח בהיקף של מיליארד שקל.
התעשייה האווירית הסכימה לבצע את ההפרשה ולהציג מחדש את הדו"חות ל-2005 ול-2006, לאחר שהוסבר לה בדיונים עם רשות ני"ע שרק ההפרשה תאפשר לה לטעון שההשקעה באלישרא אינה מהותית, ועל כן היא פטורה מלצרף את הדו"חות, כפי שדרשה הרשות.
התעשייה האווירית ביקשה קודם לכן מאלישרא, שהיא החברה המובילה בישראל בתחום הלוחמה האלקטרונית, למסור לה את הדו"חות, אך אלישרא שבשליטת אלביט מערכות סירבה בטענה שהיא חברה פרטית.
אלתא, שהיא חברה בת בבעלותה המלאה של התעשייה האווירית, רכשה מחברת כור 30% ממניותיה של אלישרא ביוני 2002 ב-100 מיליון דולר, כלומר לפי שווי חברה של 330 מיליון דולר. זאת, לאחר שמו"מ שהתנהל במקביל עם חברת אלביט מערכות נכשל.
הרכישה עוררה ביקורת קשה הן משום שהתעשייה האווירית היא חברה ממשלתית, ורכישת חברת ממשלתית אחרת מנוגדת למדיניות ההפרטה; הן בשל תג המחיר הגבוה לאלישרא, שהיא חברה שצפתה רווח של כמה מיליונים דולרים, אבל הפסידה בשנה שקדמה לעסקה 3.5 מיליון דולר ומעסיקה מספר רב של עובדים בשכר גבוה.
דו"ח חמור של מבקר המדינה
מבקר המדינה פירסם בדצמבר 2005 דו"ח חמור על העסקה וקבע שהתעשייה האווירית השקיעה 100 מיליון דולר מבלי שבדקה ואישרה בעצמה הערכות שווי של אלישרא, אלא הסתמכה על ניתוחי רגישות, שהתבססו על תחזיות הנהלת אלישרא, שאינן מקור אוביקטיווי, והוגדרו בידי היועץ הפיננסי מטעם התעשייה האווירית כאופטימיות מדי.
יתרה מזו, ההסכם בין אלתא לאלישרא קבע שהתעשייה האווירית תוכל לבטל את העסקה אם יתברר שערכה של אלישרא נמוך ביותר מ-15% מהשווי שהתבסס על הפרמטרים הפיננסיים שהוצגו לאלתא, אלא שמשה קרת, לשעבר מנכ"ל התעשייה האווירית, דיווח לדירקטוריון אלתא ולדירקטוריון התעשייה האווירית כשהציג את העסקה, כי הליך הגילוי הנאות הושלם ואין ממצאים שיש בהם כדי לשנות את הערכת שווי החברה בסכום הנמוך ביותר מ-15%. זאת, על אף שהמצגת כללה תחזית רווח לאלישרא, שהיתה נמוכה ב-42% מתחזית הרווח של הנהלת אלישרא, שהיתה הבסיס לתמחור העסקה.
המבקר קבע כי הצגת הנתונים בדירקטוריון החברה היתה "מצג חסר, וכתוצאה מכך אף מטעה". לאחר פרסום דו"ח המבקר פרש משה קרת מתפקיד המנכ"ל.
במהלך הדיונים עם מבקר המדינה, מיכה לינדנשטראוס, הציגה התעשייה האווירית מכתב מדני בירן, לשעבר נשיא כור, שעל פיו קיבלה כור חוות דעת של הכלכלן יעקב שיינין ושל משרד סומך חייקין, שעל פיהם שווי אלישרא הוא 350-400 מיליון דולר, וכן מכתב שעל פיו אלביט מערכות ניהלה מו"מ לרכישת השליטה בחברה לפי שווי חברה של 300 מיליון דולר.
חוות דעת אלו נראו באור מגוחך ביולי 2005, כשאלביט מערכות רכשה 70% ממניותיה של אלישרא תמורת 70 מיליון דולר, כלומר על פי שווי חברה של 100 מיליון דולר. ואולם התעשייה האווירית לא ביצעה הפרשה לירידת ערך השקעתה באלישרא עד לדו"חות הכספיים של 200, כשההפסדים המתמשכים של אלישרא אילצו אותה להקטין את שוויה של אחזקתה (30%) באלישרא ל-60 מיליון דולר, שמשקף שווי חברה של 200 מיליון דולר.
הרצון לגייס מיליארד שקל בהנפקת איגרות חוב - שתממן פרישת עובדים, השבחת מתקנים והקמת חברות בנות באירופה - שיכנע את הנהלת התעשייה האווירית לבצע את ההפרשה, כשברקע דרישת הרשות עומדים הפסד של 26 מיליון דולר ב-2006 ואי עמידתה באמות המידה הפיננסיות שנקבעו בהסכמי המימון עם הבנקים.
התעשייה האווירית מסרה בתגובה: "התעשייה האווירית נמצאת בתהליך של בקשת היתר לפרסום תשקיף לצורך הנפקת אג"ח לציבור, ובשל כך חלות עליה הגבלות על פי דין לגבי פרסום פרטים אודות החברה בכלי התקשורת עד למועד ביצוע ההנפקה. לפיכך, מנועה התעשייה האווירית בשלב זה מלהתייחס לעניין".