סיעות הליכוד, המפד"ל, העבודה, ומרצ מפגרות בתשלום חובות ואינן משלמות חלק מהחובות כלל משום שאינן יכולות לעמוד בפרעון כל החובות בזמן. כך קבע אחר הצהריים מבקר המדינה בדו"ח מיוחד על ההתנהלות הכספית של המפלגות בתקופה ממאי 2006 עד 31 בדצמבר 2007.
המבקר גילה כי 7 מפלגות בכנסת שרויות בחובות: חובותיה של מפלגת העבודה בסוף דצמבר 2007 הגיעו ל-128.7 מיליון שקל, הליכוד - 34.05 מיליון שקל, המפד"ל - 21.33 מיליון שקל, חד"ש - 5.61 מיליון שקל, מולדת - 5.59 מיליון שקל, ישראל ביתנו - 3.09 מיליון שקל, ומרצ - 3.05 מיליון שקל. סך חובות המפלגות הללו מגיע ל-201.4 מיליון שקל.
חלק מחוב המפלגות הינו חוב לספקים: מפלגת העבודה חייבת 71.8 מיליון שקל לספקים, המפד"ל -13.8 מיליון, הליכוד - 4.8 מיליון שקל, חד"ש - 4.3 מיליון שקל, ש"ס - 1.5 מיליון שקל, ומרצ - 0.8 מיליון שקל.
בהתייחסו לאי תשלום חובות על ידי הליכוד, המפד"ל, העבודה ומרצ הוסיף המבקר כי לגבי חלק מהחובות ובמיוחד חובות שנותרו ממערכת הבחירות לא יכלו הסיעות להציג נתונים על החובות, ועל בעלי החוב, והן אינן יודעות כלל מתי נוצרו ומה נעשה לפרעונן.
המבקר ציין כי הליכוד, מרצ וחד"ש לא העבירו לחלק מיושבי הראש של הקלפיות את התשלום המגיע להם וגם לא החזירו את הכספים שנותרו בידם לועדת הבחירות המרכזית. חלק מהסיעות ציינו כי הן היו מוכנות לשלם את החוב אך העובדים והפעילים לא גבו את חובם. המבקר לא קיבל את תגובת הסיעות וקבע כי "קשה לקבל את הטענה שעובדים ופעילים שעבדו עבור שכר נמנעו מגבייתו. הסיעות גם לא הציגו ראיות שעשו כל שביכולתן לשלם את שכרם של העובדים והפעילים". המבקר הודיע לסיעות כי עליהן לבדוק את הרישומים לגבי חובותיהן, לבדוק למי הן חייבות כסף, מהו סכום החוב, מדוע לא שולם, ובאילו צעדים נקטה לפרעון החוב לחייבים.
המבקר קנס 2 מפלגות בגין אי עמידה בהנחיותיו: סיעת הגימלאים קיבלה קנס של 25 אלף שקל. המבקר קבע כי המפלגה לא רשמה הוצאות בגין פרסומים ועוד. סיעת תקומה שבה חברים הח"כים צבי הנדל ואורי אריאל ספגה קנס של 10,000 שקלים.
בעניין נכסי הסיעות מצא המבקר כי רבים מהנכסים שהסיעות טוענות לבעלות עליהם אינם רשומים על שמן. מקצתם רשומים על שם של אנשים פרטיים ומקצתם רשומים על שם תאגידים המנהלים עסקים עם הסיעות. המבקר הורה לסיעות לפעול ללא שהות להסדרת זכויותיהן בנכסי הנדל"ן שלהן שהן טוענות לזכויות בהן. כמו כן, עליהם לשקף בדו"חותיהן הכספיים את זכויותיהן בנכסי הנדל"ן.
לא מפרישים את מלוא הסכום לפיצויים
המבקר גם תבע שהמפלגות יבצעו הפרשות לפיצויי פרישה עבור עובדיהן. המבקר גילה ש-8 סיעות לא הפרישו את מלוא הסכומים לפיצויים לעובדיהן. לסיעות הבאות חוסר בהפרשות לפיצויים לעובדיהן לעומת ההתחייבויות: העבודה - 7.78 מיליון שקל, הליכוד - 0.5 מיליון שקל, דגל התורה - 0.3 מיליון שקל, חד"ש - 0.2 מיליון שקל, ישראל ביתנו - 0.143 מיליון שקל, המפד"ל - 0.17 מיליון שקל, מד"ע - 0.1 מיליון שקל, וקדימה 0.19 מיליון שקל.
סיעות הכנסת מקבלות מימון להעסקת מנהלי סיעות בסכום כולל של 6 מיליון שקל בשנה. ממאי 2006 ועד דצמבר 2007 קיבלו הסיעות את הסכומים הבאים להעסקת מנהלי סיעות וצוות פרלמנטרי: קדימה - 1.9 מיליון, העבודה - 1.13 מיליון, הליכוד - 0.97 מיליון שקל, הגימלאים - 0.96 מיליון שקל, ש"ס - 0.89 מיליון שקל, ישראל ביתנו - 0.87 מיליון שקל, האיחוד הלאומי-מפד"ל - 0.65 מיליון שקל, מרצ וחד"ש - 0.47 מיליון כל אחת, מד"ע - 0.46 מיליון שקל, יהדות התורה - 0.45 מיליון שקל.
המבקר מתח בקורת על כך שבחלק גדול מהסיעות לא נמצאו ההסכמים שעליהם חתמו נציגיהן עם עובדיהן כנדרש. כמו כן, אף אחת מהסיעות לא רשמה בספרי הנהלת החשבונות שלה את השכר והתשלומים הנילווים לעובדי הסיעה. לפיכך, אף אחת מהסיעות לא שיקפה בדו"חות הכספיים את מלוא ההוצאות וההכנסות שלה. המבקר קבע שמחובת הסיעות היה לרשום בספרי הנהלת החשבונות שלהן את המימון שקיבלו מהכנסת להעסקת עובדי הצוות הפרלמנטרי. המבקר הזהיר שאם להבא סיעה כלשהי לא תרשם בספרי הנהלת החשבונות שלה את ההכנסה וההוצאה בגין הצוות הפרלמנטרי לא יהיה מנוס מלהעניק לה דו"ח שלילי.