כפי שפורסם ב-TheMarker, הציע משרד התחבורה הסדר הכולל את ביצועו החלקי של קו הרכבת מעורר המחלוקת בין אשקלון לבאר-שבע, וכן את ביטול חיבורה הישיר של אשדוד לגוש דן. מדובר בקיצוץ קו הרכבת המתוכנן בין אשקלון לבאר-שבע, כך שבקו תונח מסילה בודדת ולא כפולה, וכן את ביטול המסילה המתוכננת בין צומת בני-דרום (פלשת) לבית מחלף משה דיין (ראשון-לציון מערב) - העתידה לחבר את אשקלון ואשדוד ישירות לתל-אביב, במקום החיבור הקיים דרך לוד.
ההסדר המוצע גרר ביקורת משום הטענות לליקויים בתכנונו של קו אשקלון-באר-שבע לעומת הכדאיות הכלכלית המובהקת שבפרויקט חיבור אשדוד לראשון-לציון. באוצר החליטו להתנגד להסדר המוצע - ומשום-כך תובא הסוגיה להכרעת השרים.