ב-2 בינואר 2007 עצרה המשטרה בכירים ברשות המסים, כולל מנהל הרשות, ג'קי מצא, בחשד לנטילת שוחד. בנובמבר 2008 פנה היועץ המשפטי לממשלה למנהל הרשות, יהודה נסרדישי, וסיכם עמו כי הרשות תמנה צוות להפקת לקחים לתיקון הכשלים שנחשפו במהלך חקירת המשטרה בפרשת מעצר הבכירים כולל כשלים בהליכי המינויים של עובדים ברשות.
הצוות, בראשותו של היועץ המשפטי של הרשות, עו"ד משה מזרחי, הוקם במארס 2009. ונקבע כי ימציא את מסקנותיו לא יאוחר מ-30 ביוני 2009. בסוף 2010, באיחור של שנה וחצי, טרם הוגש דוח הצוות. מבקר המדינה קובע בדו"ח שפירסם כי הפרוטוקולים מישיבות הצוות הופקו זמן רב לאחר הישיבות. במועד סיום הביקורת חברי הצוות טרם אישרו אותם.
מבקר המדינה קובע כי העיכוב בהגשת הדו"ח פוגע בתהליך הפקת הלקחים הנדרשים מהכשלים החמורים שהתגלו בהליכי המינויים ובקידומם של עובדים ברשות המסים.
כידוע מבקר המדינה התנגד לקידומו של עו"ד מזרחי לתפקיד מנהל רשות המסים עם פרישתו של נסרדישי בסוף אפריל השנה לגמלאות. ב-2010 הודיע מזרחי כי לא יתמודד על התפקיד ובכוונתו לפרוש בקרוב מרשות המסים.
מבקר המדינה קובע כי הבדיקה שעשה ברשות המסים העלתה כי קיימת אפשרות לפגיעה בהליכי מכרז שוויוני באופן המינוי הקיים של עובדים למשרות ברשות. זאת ועוד, עובדים המכהנים במשרות בכירות אינם תמיד בעלי השכלה אקדמית. לדעת מבקר המדינה, על רשות המסים, כגוף מקצועי מהמעלה הראשונה, לדאוג כי הסגל הבכיר שלה יהיה בעל השכלה אקדמית. המצב הקיים, שבו תואר אקדמי אינו אחד מדרישות הסף בתחום ההשכלה לתפקידי הנהלה ברשות, יכול להביא לפגיעה ברמת הניהול. מצב כזה עומד בסתירה מוחלטת למטרה המוצהרת של הממשלה ונציבות שרות המדינה.
רוטציה לקויה בצמרת
מבקר המדינה מתריע גם על רוטציה לקויה בצמרת רשות המסים. לדבריו, העובדים הבכירים ברשות עוסקים בתחום הרגיש של אכיפת ביצוע חוקי המס תוך התמודדות עם לחצים של מייצגים בכירים ובעלי הון. שהות ארוכה בתפקיד עלולה להביא לידי שחיקה במישור המקצועי והאישי ואף לידי פגיעה בעיקרון השוויוניות בטיפול בנישומים. משום כך יש לקיים סבב תפקידים בין העובדים בתפקידים הבכירים.
כבר ב-2007 זכה נושא סבב התפקידים לתמיכת היועץ המשפטי לממשלה. בביקורת נמצא כי בשנים האחרונות ביצעה הרשות סבב תפקידים, על פי קביעתו והחלטתו הבלעדית של מנהל הרשות, בלי להסתמך על כללים מוסכמים או על קריטריונים כלשהם. מנהל הרשות לא ניהל פרוטוקולים או כל רישום מסודר אחר הנוגעים לנימוקים ולשיקולים להחלטותיו. מבקר המדינה מציין כי, "במצב כזה יכול מנהל הרשות, על דעתו בלבד, להיטיב או להרע עם עובדים".
בתגובה נמסר מרשות המסים כי, "בכל הנוגע למכרזים ומינויים פועלת רשות המסים בהתאם להוראות התקשי"ר, הנחיות נציבות שרות המדינה, הוראות כל דין והוראות הפסיקה. רשות המסים ממנה את עובדיה בהליכים שקופים, ראויים ותקינים ולא נמצא כל דופי בהתנהלות הרשות. הסוגיות שהועלו בדו"ח הן בעיקרן סוגיות טכניות כדוגמת חריגה ממספר המועמדים שזומנו לועדת המכרז.
"סוגייה נוספת הינה מחלוקת עניינית בעניין השיקולים שראוי לקחת בחשבון בעת בחירה של עובדים מקצועיים ומנוסים לתפקידי ניהול. כך למשל, סוגיית בחירתם של מועמדים העומדים בתנאי סף לתפקידים בכירים שאין להם תואר אקדמי. על כן אין מקום לאמירה בדו"ח, אשר קוראת להנהלת משרד האוצר, לרשות המסים ולנציבות שירות המדינה לפעול לשיפור הליכי המינויים והמכרזים הפנימיים ברשות".
"נקבעו מועדים ליישום ההמלצות"
בנושא סבב הרוטציה מסרה הרשות כי הוא "נועד לרענן את מערך הניהול ביחידות הרשות. הסבב נערך תוך הפעלת שיקולים מערכתיים ומקצועיים ובמהלכו ערך מנהל הרשות התייעצויות עם חברי ההנהלה הרלבנטיים. מנהל הרשות נפגש עם כל המנהלים הרלבנטיים והציג להם את המהלכים והשיקולים לביצוע הסבב. עד למועד הדו"ח לא היה כל נוהל, של נציבות שירות המדינה ו/או תקשי"ר, שקבע את האופן שבו יש לערוך סבב תפקידים. בימים אלו אנו מצויים בשלבים סופיים של גיבוש נוהל כאמור, בשיתוף עם נציבות שירות המדינה".
ביחס לסוגיית התואר האקדמי, טוענת רשות המסים כי "בניגוד לרושם שעולה מדו"ח משרד המבקר הרי שבפועל, מתוך עשרות רבות של מכרזים שנערכו ברשות בשנים 2010-2008, למשרות מנהלי יחידות וסגנים ביחידות, רק בשלושה מקרים נבחרו עובדים שאינם בעלי תואר אקדמי ו/או רישיון רו"ח. באותם שלושה מקרים נבחרו עובדים הראויים והמתאימים ביותר למשרה לאחר שעמדו בתנאי הסף וביניהם השכלה וניסיון, כפי שאושרו על ידי נציבות שרות המדינה ולאחר שוועדת בוחנים התרשמה מניסיונם העשיר ויכולתם המקצועית הגבוהה".
ביחס לעיכובים בהגשת דו"ח הלקחים ע"י מזרחי, טוענת רשות המסים כי "המלצות דו"ח הוועדה הוגשו למנהל רשות המסים במהלך חודש מארס 2010 ואומצו על ידו. לאחר שההמלצות הוצגו בפני ההנהלה הבכירה של הרשות, נקבעו תחומי אחריות ומועדים ליישום ההמלצות".