שכרם החודשי של שבעה בכירים במשרד מבקר המדינה היה 41,325-49,991 שקל (ברוטו) ב-2010, יותר משכרו של המבקר עצמו, מיכה לינדנשטראוס - 39,079 שקל בחודש (כל הנתונים נכונים ל-2010) - כך עולה מנתוני שכר שהגיעו לידי TheMarker. שכרו ותנאי העסקתו של המבקר צמודים לאלה של שרי הממשלה. דו"ח הממונה באוצר על השכר בשירות המדינה ובשירות הציבורי אינו כולל את משרד מבקר המדינה.
שכרו ברוטו של מנכ"ל המשרד ב-2010, מוטי בסר, היה 36,984 שקל (לעומת 31,723 שקל ב-2009), ועלות שכרו החודשית היתה 50,847 שקל (לעומת 43,076 שקל ב-2009).
במשרד מבקר המדינה מועסקים 559 עובדים. השכר הממוצע ברוטו לעובד (ב-2010) היה 21,763 שקל, ועלות ההעסקה הממוצעת היתה 26,677 שקל - עלייה ריאלית של 4.62% לעומת השכר הממוצע ב-2009. השכר הממוצע של עובדי המדינה עלה ריאלית ב-4.23% ב-2010 לעומת 2009. כמו כן, עובדי משרד מבקר המדינה נהנים מתוספת ייחודית הנקראת "תוספת מבקר המדינה" בשיעור של כ-102% משכרם. על תוספת זו החליטה ועדה ציבורית ב-1978. מאז שיעור התוספת זהה, פחות או יותר, לשיעור עליית השכר בשירות הציבורי.
בדרג המינהלי הועסקו אשתקד 113 עובדים
בניתוח שכר העובדים לפי תפקידים עולה כי בדרג המינהלי הועסקו אשתקד 113 עובדים בשכר ממוצע של 11,846 שקל בחודש (עלות שכר חודשית ממוצעת של 14,403 שקל) - גידול ריאלי של 4.27% לעומת 2009; בדרג "ביקורת המדינה" הועסקו 428 עובדים עם שכר ממוצע של 24,714 שקל (עלות שכר חודשית ממוצעת של 30,302 שקל); שכרם של בעלי משרות אלה גדל אשתקד ברוטו בשיעור של 4.12% לעומת 2009.
שני עובדים במשרד - היועצת המשפטית, נורית ישראלי, ומנהל נציבות תלונות הציבור, הלל שמגר - צמודים בשכרם לשכר שופט. השכר הממוצע החודשי של שניהם הוא 43,944 שקל (עלות שכר חודשית ממוצעת של 55,566 שקל). שכרם עלה אשתקד ריאלית ב-2.41%, לעומת 2009, והשניים צמודים לשכר הממוצע במשק. במשרד מועסקים שמונה משפטנים מתמחים בשכר ממוצע חודשי של 4,475 שקל (עלות שכר חודשית ממוצעת של 5,141 שקל). שכרם ירד אשתקד ריאלית ב-2.11% לעומת 2009.
שלושה סטודנטים שהועסקו במשרד השתכרו בממוצע 2,480 שקל (עלות שכר חודשית ממוצעת של 2,985 שקל). שכרם ירד אשתקד ריאלית ב-2.75% לעומת 2009. בלשכת המבקר הועסקו אשתקד ארבעה עובדים נוספים בדירוגים שונים ושכרם החודשי ברוטו היה 11,543-22,635 שקל.
ממשרד מבקר המדינה נמסר: "המבקר מצדד חד-משמעית בהפעלת מבנה שכר אחר לעובדים חדשים שייקלטו במשרד המבקר בעתיד, כלומר 'דור ב'. זאת ברוח המלצות הוועדה הציבורית שמינה בשעתו מבקר המדינה. בראש הוועדה עמד נשיא בית המשפט המחוזי בתל אביב (בדימוס), השופט אורי גורן, וחבריה היו פרופ' רמי פרידמן, רו"ח יצחק רוטמן ורו"ח יחזקאל פלומין. הוועדה הציבורית הגישה את המלצותיה אשתקד והמבקר אימץ את החלטותיה. ועדי העובדים במשרד המבקר מתנגדים להנהגת דור ב' והטיפול האינטנסיבי בנושא נמשך". עוד נמסר כי ברשות ני"ע השכר הממוצע הוא 22,253 שקל ובבנק ישראל 23,531 שקל, ובגופים הללו השכר הממוצע גבוה משל עובדי משרד מבקר המדינה. עוד ציינו במשרד המבקר כי הגיל הממוצע של עובדי המשרד הוא 39 וחלק ניכר מהעובדים הם אקדמאים, משפטנים, כלכלנים ורואי חשבון, ומכאן שהיקף ההשכלה והוותק תורם לגידול בשכר.