מרבצי הגז האדירים שהתגלו מול חופי הארץ הם לא רק מקור לעושר גדול לחברות המפיקות ולתושבי המדינה, הקידוחים ומתקני ההפקה הם גם מקור לסכנה בטיחותית וסביבתית. בשלב זה הסיכונים מוגבלים, מכיוון שהזיהום העלול להיווצר מתקלה במתקני ההפקה וההולכה של הגז הוא קטן יחסית, אבל עדיין מדובר במתקנים בעלי פוטנציאל נפיץ, וחייהם של עשרות עובדים תלויים בבטיחות המתקנים.
סיכון נוסף שטרם נחקר עד תומו נובע מההשפעות הגיאולוגיות של פעילות ההפקה. באזור מאגרי הגז בכרונינגן שבהולנד ובמקומות שונים בדרום ארצות הברית נרשם גידול חד ברעידות האדמה בסיבות מתקני ההפקה של הגז. מרבית הזעזועים היו קטנים וכמעט בלתי מורגשים, אבל חלקם גרמו נזק לרכוש. על פי ההערכות נגרמים רעשי האדמה בשל תזוזות קרקע והתמוטטויות תת קרקעיות שמקורן בפעולות הקידוחים.
קריסת שכבות קרקע כתוצאה מהפקת גז אירעה גם בישראל, בעקבות מיצוי הגז במאגר ים תטיס שמול חופי אשקלון. הסכנות הסביבתיות כתוצאה מפעילות חיפושי הנפט וההפקה עלולה להחמיר אם יתממשו ההערכות שמתחת למאגרי הגז הימיים ובמקומות נוספים בישראל קיימים מרבצי נפט אדירים. בפעילות היבשתית יש למשרדים להגנת הסביבה ומשרד העבודה סמכויות ביקורת ואכיפה. הדברים מסובכים יותר בפעילות האנרגיה בים.
פוטנציאל הזיהום הסביבתי של בארות נפט בים הוא עצום, ומישהו אמור לדאוג שפעילות החיפושים וההפקה לא תגרום לאסון אקולוגי נוסח מפרץ מקסיקו בשנת 2010. בישראל יש מעט מאד ידע רלבנטי לפיקוח על פעילות הפקה וחיפושים בהיקף גדול. במסגרת היערכות חדשה פרסם לאחרונה משרד האנרגיה מכרזים לחברות ייעוץ שיסייעו בפעולות הבקרה על בטיחות המתקנים בכל ההיבטים. אבל ספק אם משרד האנרגיה הוא הגוף שעליו אפשר לסמוך לצורך הפיקוח. תפקידו של שר האנרגיה הוא לטפח את חברות האנרגיה, לספק להם סביבת עבודה תומכת ואוהדת, על מנת שיפיקו נפט וגז לתועלת המשק. יש לו ניגוד עניינים ברור עם גופים שתפקידם הוא לדאוג לבטיחות ללא פשרות, לעתים גם במחיר של הטלת קנסות כבדים או שיתוק מתקנים החורגים מתקני הבטיחות. החשש ששר אנרגיה יעדיף את האינטרס הכלכלי על פני שיקולי זיהום הסביבה ובטיחות, אינו מופרך.
במסגרת גישה זו, הוציא האיחוד האירופי הנחיה למדינות המפיקות נפט בים להפריד את סמכויות הפיקוח ממשרדי האנרגיה ולהעבירן למשרדי ממשלה יעודיים. בנורבגיה, המקפידה במיוחד בנושאים של ניגודי עניינים, יושם עיקרון ההפרדה זה מכבר. יצויין עם זאת שהדירקטיבה האירופית חלה רק על מדינות שלהן יש שישה מתקני הפקה ימיים לפחות, בעוד שבישראל יש מתקן הפקה פעיל אחד ושתי אסדות.