תביעה ייצוגית שהוגשה נגד מקורות, על גביית כספים באופן לא חוקי בגין צריכת מים, הסתיימה בפשרה שבה תפצה החברה את חברי הקבוצה המיוצגת בתובענה. התביעה נגד מקורות הוגשה בשנת 2004 על ידי אחים יעקב ועוזנתן בלום, בעלי משק ושטחים חקלאיים באזור ראש פינה, והם ביקשו לנהל אותה כתובענה ייצוגית. באמצעות עוה"ד אמיר ויתקון וליטל ברששת, ממשרד שביט-בר-און גלאון צין ויתקון ושות', נטען כי מקורות גבתה שלא כחוק, חיוב בגין צריכה "מעל הזכויות" - שהוא תשלום על חריגה מהמכסה שנקצבה לצרכנים בהסכם האספקה עם מקורות.
האחים בלום לא הכחישו שמדובר בחיוב שמעוגן בהסכם האספקה שעליו חתמו, אך הדגישו שהוא אסור לפי חוק המים. מנגד טענה מקורות שהחיוב אינו בגדר תמורה עבור אספקת המים השוטפת, אלא מהווה החזר על השקעתה של מקורות בתשתיות הייצור וההובלה של המים. על כך השיבו החקלאים שהשימוש בתשתיות מתומחר וכבר כלול בדמי המים שגובה מקורות, ולכן היא אינה רשאית לגבות בנוסף גם תשלום "מעל הזכויות".
בשנת 2013 דחתה השופטת ענת ברון מבית המשפט המחוזי בתל אביב את התביעה וקבעה, כי במשך עשרות שנים נהגה מקורות לגבות מהצרכנים תשלומי זכויות ו"מעל הזכויות" תוך הסתמכות על כספים אלה למילוי תפקידיה. עוד ציינה השופטת, כי "העמימות המסוימת שבביטוי 'בקשר לאספקת המים'" מכריעה לטובת המדינה ומקורות.
האחים הגישו ערעור שנדון בבית המשפט העליון. לאחרונה, לאחר שנה וחצי של משא ומתן בו לקחו חלק גם באי-כוח היועמ"ש ונציגי הממשלה, הגיעו הצדדים להסכם פשרה בתובענה הייצוגית. בהסכם נקבע, כי מקורות תמחל על מלוא החובות של הצרכנים חברי הקבוצה בגין צריכה "מעל הזכויות" ואף תחזיר לקבוצת התובעים המיוצגים, כספיים בסך 15%-30% מסך הסכומים ששילמו בגין חיובי "מעל הזכויות". בנוסף, מקורות אישרה, כי כבר ב-2011 חדלה מחיוב הצרכנים שלה בגין צריכה "מעל הזכויות".