בשנת 2016 הטיל המשרד להגנת הסביבה עיצומים כספיים בסך 2.7 מיליון שקל על החברה לפיתוח גוש עציון, בין היתר עקב שימוש באוטובוסים ממוגני ירי ישנים ומזהמים. באחרונה הפחית בית המשפט המחוזי בירושלים, (בשבתו כבית משפט לעניינים מנהליים), את העיצום הכספי ל-965 אלף שקל ומתח ביקורת על התנהלותו של המשרד להגנת הסביבה.
באותה שנה פרסם המשרד להגנת הסביבה הוראות למניעה וצמצום של זיהום אוויר מציי כלי רכב כבד. ההוראות הגדירו שורה של צעדים שעל החברות בעלות ציי הרכב הכבד לנקוט. במקרה המדובר, המשרד להגנת הסביבה טען כי החברה לפיתוח גוש עציון לא עמדה בהוראות חוק אוויר נקי והפרה חובות המוטלות עליה, ועל כן הטיל עליה עיצום כספי של 2.7 מיליון שקל.
בתגובה לכך, עתרה החברה לפיתוח גוש עציון לביהמ"ש המחוזי בירושלים, באמצעות עורכי הדין רנאטו יאראק, איתן צפריר שותפים במשרד מ. פירון ושות' ועו"ד מתן ספקטור, וטענה כי ההליך המ\ינהלי פגום מיסודו בשל השיהוי הקיצוני שבין מועד עריכת הביקורת בשנת 2016 ועד להחלטה הסופית של המשרד בשנת 2019. לדברי החברה, "מקומם הדבר שהמשרד להגנת הסביבה בחר דווקא בה, עם כל בעיותיה הייחודיות הנובעות מפעילותה ביו"ש ומן המגבלות הקשות הנגזרות מכך, ובראשן הצורך בהפעלת אוטובוסים ממוגני ירי במימון המדינה והקושי בהחלפתם, כדי להטיל עיצום בסדר גודל אסטרונומי".
בעתירה הסבירו באי כוחה של החברה לפיתוח גוש עציון את הקושי להחליף את הרכבים בתלותה בתקציבי משרד הביטחון המיועדים למטרה זו. המדובר בתקצוב חסר של האוטובוסים ממוגני הירי הפועלים באיו"ש. בעקבות כך, אין באפשרותן של הרשויות המקומיות באיו"ש לתת מענה הולם לתחבורה הציבורית ולהסעות ילדים.
שופט בית המשפט המחוזי בירושלים, עודד שחם נתן תוקף של פסק דין להסכם בין שני הצדדים במסגרתו יופחת העיצום הכספים ל-965 אלף שקל, כאשר עוד בהחלטתו מחודש מרץ האחרון התייחס השופט שחם אל סיכויי העתירה להתקבל וקבע כי: "יש בפי העותרת טענות ראויות לבירור בהליך העיקרי, ובהן שיהוי של ממש במתן החלטה והעדר מידתיות, בין היתר על רקע חובתה של העותרת לעשות שימוש באוטובוסים ממוגני ירי, והיבטי התקציב הנוגעים לכך".