כמדי שנה, כמויות גשם גדולות הובילו להצפה של מערכות הביוב באזורים שונים, דבר הגורם למי נגר מהולים בביוב לגלוש מהמערכת אל הנחלים ומשם אל הים. רק בשבוע שעבר משרד הבריאות הזהיר מפני רחצה בכלל חופי ת"א, הרצליה ובת ים, כמו כן אזהרה דומה ניתנה לחוף ניצנים בדרום. הזרמת ביוב גולמי מהול במי נגר לנחלים ולים גורמת לפגיעה בחי ובצומח ובנוסף גורמת לסיכון בריאותי ממשי לרוחצים ולעוסקים בספורט ימי.
מדובר בתוצאה של הזנחה ארוכת שנים שאת מחירה משלמים הטבע והציבור. הבעיה המרכזית היא שבערים רבות ברחבי הארץ קיים חיבור בין מערכות הביוב ומערכות הניקוז וכתוצאה מכך, בעת ירידת גשמים נכנסים מי הנגר למערכות הביוב, גורמים להצפת רחובות הערים בביוב ולהרס תהליך הטיהור במכוני הטיפול בשפכים. בנוסף, לאורך השנה נאספים בנחלים כמויות גדולות של אשפה ופגרי בע"ח וכבר בגשם הראשון הם זורמים אל הים.
גם הזרמה בלתי חוקית של שפכי תעשיה ומוסכים ושטיפת מי הנגר באזורים מזוהמים, גורמת לכך שהביוב מכיל גם מתכות כבדות, כגון כספית או מתכות אחרות ומסוכנות אשר פוגעות בבריאות בעלי החיים והציבור.
בעמותת אקואושן הפועלת לשימור והגנה על הסביבה הימית של ישראל אומרים, כי העמותה רואה בחשיבות רבה על שמירת המשאב הימי ולכן מסייעת במחקרי דיגום איכות המים בים התיכון לאחר הטיפול במט"ש, זאת על ידי אספקת ציוד מחקרי והקצאת ספינת המחקר של העמותה לטובת מחקרים מסוג אלו. בעמותה מאמינים כי יש צורך בתכנית אסטרטגית מדינית אשר תתכלל את כלל הסוגיות ותיתן פתרונות אפקטיבים, מוכחים וארוכי טווח לטיפול בסוגיית השפכים במדינת ישראל.
ד"ר אסף אריאל, המנהל המדעי של עמותת "אקואושן": "זיהום החופים מתקיים עשרות ימים בשנה בעונת החורף, בשנת 21 נמדדו 112 ימים. ניכרת פגיעה באיכות החיים ובבריאות של התושבים החיים בסמוך לנחלים, כמו גם של שחיינים וגולשים שממשיכים בספורט עממי גם בימי החורף ובעונות המעבר. בנוסף, נגרמת פגיעה משמעותית גם בחי ובצומח הימי בסמוך למוצאים כתוצאה מנגר עירוני מזוהם ומהעשרה בחומר אורגני ונוטריאנטים הגורמים לפריחות אצות אינטנסיביות ש'חונקות' את הסביבה הימית- תהליך הנקרא אאוטריפיקציה. אי פתרון בעיות הנגר ואי הפרדה בין המערכות תגרום לעוד ועוד הזרמות ביוב לנחלים. הטענה בדבר מיעוט ימי גשם בשנה לא רלוונטית לאור שינויי האקלים שצפויים לשנות את תפזורת הגשם כך שיתאפיין ביותר אירועי שיטפון והצפות קיצוניים ובהם צפויות גלישות ביוב רבות".
מרק אוקון, מנכ"ל איגודן לתשתיות איכות הסביבה: "תקנות משנת 2011 מחייבות רשויות להעמיד תוכנית עבודה להפרדה של מערכות הניקוז והביוב אך הן זוכות להתעלמות ולהיעדר פיקוח. מדובר בצורך להקצאה של תקציבים גדולים הנעמדים במיליארדים אותם הרשויות או המדינה לא מוכנות להקצות, ומתבססות על הטענה כי כמות ימי הגשם בשנה היא שולית. כל המכתבים אשר נשלחים אליהן מדי שנה אינם זוכים למענה רציני. על מנת לטפל בבעיה יש צורך לפעול בשני מישורים: האחד הוא להתחיל לבצע אכיפה על התקנות המחייבות הפרדת מערכות, והשני, הדורש עלויות נמוכות יותר, הוא לנקות את הנחלים בתקופת הקיץ על מנת להפחית את כמויות הזיהום. כל עוד זה לא יטופל אנחנו נמשיך להתמודד עם המצב הנתון".
ד"ר אמיר ארז, ראש אגף מים, שפכים ונחלים במשרד להגנת הסביבה: "המקור העיקרי לזיהום מי הים משפכים הוא בהצפת קווי הולכת השפכים במי נגר בשל חדירה של מי גשם אל מערכות הביוב. מדובר בחיבורים פיראטיים של צנרת נגר, כמו מרזבים, למערכת הביוב וכן מכניסת נגר אל תאים לא אטומים במערכות הולכת השפכים שברחובות הערים. כתוצאה מכך יש גלישה של מי ביוב מהולים בגשם אל הסביבה לנחלים ומשם ישירות לים.
בתקנות המים נקבע שאיתור החיבורים וניתוקם בעת הצורך הוא בסמכות ובאחריות תאגידי מים וביוב, או רשות מקומית ככל שאין תאגיד כזה. המשרד להגנת הסביבה סבור כי הטיפול בנגר העירוני בישראל לוקה בחסר, וכי תופעת החיבורים הצולבים מהווה פגיעה משמעותית בסביבה בישראל. מדובר בנושא סבוך שדורש פתרון מעמיק שיכלול תקציבים גדולים. לפני שנתיים התקבלה החלטת ממשלה 207 - קידום תשתיות וניהול סיכוני שיטפונות - ובעקבותיה הוקמה ועדה מקצועית בראשות משרד ראש הממשלה, שדנה בנושאים של מבנה ומימון ונדרשה בין היתר לנושא חיבור הנגר לביוב".