משה בכר החל את עבודתו במשרד האוצר בשנת 2009 כסטודנט ולאחר סיום התואר השתלב ככלכלן באגף השכר. בחמש השנים האחרונות מכהן בכר כסגן בכיר לממונה על השכר ואחראי על גיבוש מדיניות השכר, התגמול ותנאי ההעסקה בתחומי החינוך, ההשכלה הגבוהה, שירות החוץ ומערכת הביטחון וביטחון הפנים.
בתקופת כהונתו חתום בכר על שורה רחבה של רפורמות משמעותיות והסכמי שכר פורצי דרך, כשהאחרונים הם הסכם השכר עם הסתדרות המורים, שכלל לראשונה התאמת ימי חופשה, תגמול לפי מצוינות והכנסת חוזים אישיים למערכת, כמו גם הסכם פנסיות הגישור עם גופי הביטחון, במסגרתו הוסכמו תנאי פנסיית הגישור לעובדי המוסד וכן מעבר של חלק ניכר מעובדי הארגון להעסקה במסלולי העסקה מודרניים וייחודיים שמותאמים לשוק העבודה כיום. בכר הוא זה שהוביל בחודשים האחרונים את המו"מ מטעם האוצר מול ארגוני הסגל האקדמיים שבמסגרתם הושגו הסכמות שהביאו להפסקת השביתה באוניברסיטאות ביום שני לפנות בוקר.
במהלך תפקידו היה שותף משה בכר לגיבוש התוכנית הרב שנתיות של גופי הביטחון השונים וכן לגיבוש התר"ש לצה"ל לשנים 2020-2024 שנסגר בימים אלו. בתקופת הקורונה גיבש את ההסכמים הקיבוציים עם ארגוני הסגל הבכיר והזוטר באוניברסיטאות ובמכללות האקדמיות המתוקצבות על מנת לאפשר מעבר ללמידה מרחוק והמשך לימודים תקין תוך מזעור הפגיעה בסטודנטים ובסגל.
עם סיום תפקידו משה בכר יחל לימודים במכללה לביטחון לאומי.
הממונה על השכר, אפי מלכין: "אני מודה למשה על העבודה המסורה והמקצועית לאורך השנים ועל תרומתו לשיפור השירות הציבורי בכלל ומערכות החינוך והביטחון בפרט. משה הוביל לאורך שנותיו בתפקיד שורה של רפורמות והסכמים משמעותיים ואני מאחל לו הצלחה רבה בלימודים ולאחר מכן באתגרים נוספים במגזר הציבורי ובשירות המדינה".