לפי דו"ח מבקר המדינה שפורסם ב-2001, ב-99-'98' התקבלו במוסד 8,636 החלטות על הפחתת קנסות והפרשי הצמדה מחשבונותיהם של 7,332 מעבידים. 7,400 החלטות מתוכן בוצעו ו-618 החלטות הנוגעות ל-572 מעבידים בוטלו לאחר שאלה לא עמדו בהסכמי התשלום שחתמו עם המוסד ושהיו תנאי להפחתה.
ב-98' נמחקו חובות בהיקף של 17 מיליון שקל, וב-99' בהיקף של 72 מיליון שקל. מבקר המדינה בדק את נושא הפחתת הקנסות והפרשי ההצמדה ב-98' ו-99', השנה שבה נמחק החוב של בנק הפועלים. המבקר ציין כי המוסד הסביר לו שההפחתה נעשתה משום שהחוב שבגללו הוטל הקנס נוצר עקב סיבות טכניות שהמוסד אחראי להן.