משרד התמ"ת מתקשה לאשר את העסקה בין טאואר סמיקונדקטור לוישיי (באמצעות החברה הבת סיליקוניקס) שהיקפה 200 מיליון דולר, הכוללת הפעלת קווי ייצור בטאואר על ידי חברה בת של וישיי, סיליקוניקס. "זו עסקה חריגה ומיוחדת, שמחייבת פתרון שלא קיים כרגע", מסרו מקורות ממשלתיים. לדבריהם, "יכול להיות שמשרד התמ"ת לא יוכל לקדם את הבקשה, אם לא יתמלאו תנאים בסיסיים". לאור מורכבות העסקה, היא מטופלת בלשכת מנכ"ל התמ"ת ולא במרכז ההשקעות כמקובל.
מקורבים לעסקה העריכו כי אם התמ"ת לא יאשר את העסקה יצטרכו החברות לדון בה מחדש, והיא אף עלולה להתבטל. "העסקה טובה במיוחד עבור טאואר אך גם לוישיי, ובעיקר לעובדים שניתן יהיה להעסיק בצפון", הוסיפו המקורבים לעסקה.
בתגובה לידיעה נמסר ממשרד התמ"ת: "אכן קיבלנו פנייה לא שגרתית ואנחנו לומדים אותה כדי להגדיר את המשך הטיפול בה על ידי אחת מיחידות המשרד. הטיפול אמנם מתחיל בלשכת המנכ"ל כמו נושאים רבים אחרים, אך לאחר מכן הוא יועבר לגורם המתאים במשרד, ולא מן הנמנע כי מרכז ההשקעות יטפל בכך בהמשך". מטאואר נמסר כי מבחינת החברה מדובר בהליך אישור שגרתי ולא ידוע על כוונה לטרפד את העסקה עם סיליקוניקס.
במעמד החתימה על ההסכם בין טאואר לסיליקוניקס במאי 2004 מסרה טאואר כי אישור משרד התמ"ת הוא אחד התנאים למימוש העסקה. על פי ההסכם תייצר טאואר כקבלנית משנה עודפי הזמנות של שבבים עבור סיליקוניקס. הייצור יתבצע במפעל הישן של טאואר במגדל העמק בהיקף של 200 מיליון דולר במשך 10-7 שנים. על פי ההסכם, מובטחת העברת 53 מיליון דולר מסיליקוניקס לטאואר בשלוש השנים הראשונות להסכם. בשלב ראשון תשלם סיליקוניקס לטאואר 20 מיליון דולר שישמשו לרכישת הציוד הנדרש לייצור השבבים והיתרה תהווה מקדמה בגין רכישות עתידיות.
בטאואר ובמשרד התמ"ת סירבו לפרט איזו בעיה משפטית עוררה הבקשה. ככל הידוע נמצא משרד התמ"ת בשלבים ראשוניים בלבד של בדיקת הבקשה. הסוגיה מטופלת על ידי אמיר ברקן, עוזרו של מנכ"ל התמ"ת, רענן דינור ולא במרכז ההשקעות המנוהל על ידי שמואל מרדכי. בחודשים האחרונים מנסה דינור להעביר את מרדכי מתפקידו לתפקיד בכיר אחר בתמ"ת, אך עד כה סירב מרדכי לקצר את תקופת החוזה שלו כמנהל מרכז ההשקעות.
מבחינת טאואר מהווה ההסכם הבטחת הכנסה לטווח בינוני. חשיבותה גדולה עבור מפעל השבבים הוותיק הפועל בטכנולוגיה מיושנת. במעמד החתימה על ההסכם אמר יו"ר ומנכ"ל טאואר, כרמל ורניה, כי החברה רואה בהסכם הישג נכבד וצופה כי הכנסות ראשונות ממנו יתקבלו ב-2005. לדבריו, כושר הייצור של המפעל הוותיק (פאב 1) צפוי לגדול בצורה משמעותית עד 2007 וכמחצית ממנו מיועדת עבור סיליקוניקס. טאואר משלימה הקמת מפעל חדיש (פאב 2) בהשקעה של כ-1.5 מיליארד דולר.