תכנון לקוי, ניהול פיננסי כושל, היעדר ניתוח סיכונים, ואי חתימה על חוזים מחייבים, הם חלק ממכלול סיבות שגרמו לחברת מקורות הפסדים כבדים בעבודות שביצעה עבור גורמי חוץ, כך כותב מבקר המדינה בדו"ח ביקורת על החברה.
ההפסד הכבד ביותר לחברה הוא מהקמתו ותפעולו של המכון לטיהור שפכים (מט"ש) עבור עיריית אשדוד, שיסתכם (ערך נוכחי) לפי תחשיבי המבקר ב-39-31 מיליון שקל.
מקורות זכתה במרץ 1995 במכרז עיריית אשדוד להקמה ותפעול מכון טיהור השפכים של העיר לתקופה של 15 שנה. לתכנון הפרויקט התקשרה מקורות עם חברת תכנון ושילמה לה מליוני שקל, בלא שהיה בידה חוזה חתום.
מקורות חתמה חוזה עם קבלן לביצוע עבודות שנות להקמת מתקן הטיהור, אך בנוסף הזמינה ממנו עבודות נוספות, שלא במסגרת החוזה.
המבקר מצא כי פעולות אלו של מקורות נעשו בניגוד לכללי מינהל תקין, וחוק חובת המכרזים מפני שהחברה לא פנתה לוועדת ההתקשרויות במשרד האוצר לקבל פטור מחובת המכרזים על העבודות הללו, ומסר את העבודות לקבלן ללא הליך תחרותי הנדרש בחוק חובת המכזים.
המבקר גם מצא כי מקורות הפעילה את מתקן הטיהור באשדוד ללא רשיון עסק כנדרש, במשך שנתיים וחצי, וכי עד מועד סיום הביקורת בסוף 2003 לא התקבל הרשיון.
עוד עולה מהביקורת כי בשלב מסויים של תכנון המתקן הוחלט על ידי עיריית אשדוד לשנות את מיקומו של המתקן. מקורות לא עשתה סקר קרקע שיספק לה נתונים לצורך אומדן העלויות הנוספות הצפויות משינוי המיקום וגם לא סיכמה עם העייריה קודם לתכנון המפורט לביצוע העבודות הנוספות את התמורה שתקבל בגינן. כמו כן, לא מצא המבקר כי למקורות סיכומים מחייבים עם העירייה לגבי הסכומים שתקבל מתפעול המתקן בתקופת החוזה, ובשל כך נוצרו מחלוקות רבות בין העירייה לחברה, והעירייה אף הפחיתה באופן חד צדדי את התשלומים מקורות ב-5 מיליון שקל.
עוד מצא המבקר, כי בתיקי מקורות לא נמצא ניתוח עסקי של הפרויקט, בכלל זה ניתוח סיכונים לפני הכניסה למכרז, וכי ניתוח כלכלי לפרויקט נעשה רק בפברואר 2000, בעת שמקורות כבר עסקה בהקמתו.
ניתוח מקורות מצא כי הפרויקט יסתיים ברווח לפי שיעור ריבית שנתית של 5.5% בריבית של 6.5% הוא יסתיים באיזון. המבקר קבע כי אין כל ביסוס בתיקי מקורות, לקביעה כי בריבית של 6% יסתיים הפרויקט באיזון.
מתחשיב שעשתה היחידת הכלכלית של מבקר המדינה, עולה כי בניגוד לתחשיבי מקורות הערך הנוכחי של ההפסד מהקמת הפרויקט, והפעלתו בתקופת החוזה יסתכם ב-31 עד 39 מיליון שקל. פרויקטים חיצוניים נוספים בהם נמצא תכנון, ניהול וביצוע לקויים העלולים לגרום לחברה הפסדים כבדים הם מת"ש באר שבע, מט"ש כרמיאל ומכון סינון למי שתייה לטבריה.
המבקר מצא כי במועד סיום הדו"ח, הסתכמו חובותיהם של כמה עירייות למקורות ב-52 מיליון שקל, הכוללים סכומים השנויים במחלוקת, שגבייתן בספק.
בתגובה, מסרה חברת מקורות כי יו"ר החברה והמנכ"ל הנוכחי, נכנסו לעבוד בחברה רק לאחרונה בעוד שהדו"ח מתייחס לשנים קודמות. עוד אומר החברה כי השינוי המבני שעוברת החברה לאחרונה נועד למנוע את הדברים המוזכרים בדו"ח לאחר שפעולות אלו יועברו לניהול מקצועיבאמצות חברת היזום שתתמחה בפרויקטים מסוג זה.