מכללות להכשרת מורים, המנוהלות בידי משרד החינוך, הן הגוף המרכז והמכשיר את המשאב המרכזי שעליו מושתתת מערכת החינוך עתודות המורים. אלא שמדו"ח מבקר המדינה, עולה כי שליטתו של משרד החינוך במכללות והידע שלו על הנעשה בהן חלקיים מאוד. במשרד אין מאגר מידע המאגד את צורכי מערכת ההוראה בישראל, שלפיו אפשר לקבוע לכמה מורים זקוקה המערכת ובאילו מקצועות. מספר המכללות גדול מדי, ובהן מוסדות קטנים רבים. תקצוב התלמידים במכללות להכשרת המורים אינו יעיל ולא פעם מנותק מצורכי המערכת. כמו כן, למרות התראות קודמות לא ניסה משרד החינוך עד כה לבדוק כראוי מדוע רק פחות ממחצית מהתלמידים המתחילים ללמוד במכללות להכשרת מורים מתמידים בעבודה בהוראה.
בשנת 2003 תיקצב האגף להכשרת מורים במשרד החינוך 53 מוסדות להכשרת מורים לגני הילדים, בתי הספר היסודיים וחלק מחטיבות הביניים. עם אלה נמנים מכללות להכשרת מורים במגזרים הממלכתי והממלכתי-הדתי וסמינרים להכשרת מורות במגזר החרדי. הכשרת המורים לבתי הספר העלויסודיים נעשית באוניברסיטאות, ומתוקצבת על ידי הוועדה לתכנון ותקצוב (ות"ת) של המועצה להשכלה גבוהה. בשנת 2003 היה תקציב המכללות למורים של משרד החינוך כ-806 מיליון שקל.
מדו"ח המבקר עולה כי מבין 53 המוסדות שמתקצב משרד החינוך, 27 הם מוסדות קטנים שבהם פחות מ-500 תלמידים, רובם במגזר החרדי. ב-17 מוסדות להכשרת מורים לומדים פחות מ-1,000 תלמידים. מבקר המדינה ממליץ למשרד לאחד חלק מהמכללות ולסגור אחרות, כדי לייעל את תקצובן.
מדו"ח המבקר עולה כי תקצוב המוסדות להכשרת מורים על ידי משרד החינוך, הנמדד בשעות הוראה שבועיות, נעשה באופן לא שוויוני, וכי התמיכה הממוצעת לתלמיד במגזר הממלכתי גדולה מהתמיכה הניתנת לתלמיד במגזר הממלכתיוהדתי. במגזר החרדי התמיכה הממוצעת לתלמיד קטנה יותר מבשני המגזרים האחרים. מהדו"ח עולה כי הנוסחה שלפיה מחשבים את תקצוב השעות השבועיות לא עודכנה על ידי משרד החינוך כבר יותר מ25 שנה.
משרד החינוך גם אינו בודק כראוי כמה מורים וכמה תלמידים יש בכל מוסד. בשני מוסדות שבדק המבקר בדיקה מדגמית התברר שמספר התלמידים היה קטן ב-10% מהנתון הרשום במשרד החינוך, כלומר הם קיבלו תקציב גדול משהיו אמורים לקבל. מבקר המדינה ממליץ למשרד החינוך לשנות את שיטת תקצוב המוסדות להוראה ולהשוותו למודל התקצוב של ות"ת, או למודל אחר המבוסס על תפוקות ולא על תשומות, "שיבטיח תפוקה מרבית של כוח הוראה איכותי בעלות מזערית".
זו אינה הפעם הראשונה שעניין הכשרת המורים עולה לסדר היום הציבורי בשנים האחרונות. במאי 2000 מינה שר החינוך אז, יוסי שריד, ועדה בראשות פרופ' מרים בן פרץ לבדיקת הכשרת המורים. הממשלה אימצה את המלצות הוועדה, ובמשרד החינוך הוקמו שני צוותים, שנדרשו לספק המלצות יישומיות לשיפור המערכת של הכשרת המורים. אחד הצוותים, שהגיש למנכ"לית המשרד דו"ח בפברואר 2003, המליץ, בין השאר, להתאים את שיטת תקצוב המכללות בידי משרד החינוך לזו הנהוגה בות"ת.
"בביקורת לא נמצאו מסמכים המעידים שהנהלת משרד החינוך בחנה את ההמלצות של הצוות ואת הצורך ביישומן", נכתב בדו"ח המבקר. בתגובה לדו"ח כותב משרד החינוך כי הטיפול בהמלצות עוכב בשל קיצוץ שנעשה בתקציב האגף ובשל ההמתנה להמלצות ועדת דוברת.
שאלה עקרונית נוספת שעולה מנתוני הדו"ח היא אם משרד החינוך הוא שאמור להיות אחראי על הכשרת המורים. בנייר עמדה מ2000 שהציג המשרד למבקר נטען כי המשרד, הנושא באחריות לחינוך מתוקף חוק חינוך חובה, חייב לשאת גם באחריות על הכשרת המורים, מספרם ופרישתם.
אלא שמבדיקת המבקר עולה כי אין למשרד מאגר מסודר ומעודכן של נתונים על צורכי מערכת החינוך, או על מספר המורים הצפויים ללמד בשנים הקרובות במחוזות השונים. אמנם ב-2001 פנה המשרד ללשכה המרכזית לסטטיסטיקה, בבקשה להכין בעבורו תחזיות בעניין זה, אך הלשכה סיפקה למשרד תחזיות חלקיות בלבד, שלא כללו את המגזר החרדי והמגזר הערבי, ואינן מפרטות כמה מורים יידרשו בכל מקצוע.
כמו כן, עוד ב-1991 נכתב בדו"ח מבקר המדינה שכ-45% מבוגרי המוסדות השונים להכשרת מורים, עוסקים בפועל בהוראה. באותו דו"ח הומלץ למשרד החינוך לעשות סקר מקיף בדבר הסיבות המונעות מבוגרי המכללות לעסוק בהוראה. אך על פי דו"ח המבקר, עד לנובמבר 2003 לא נעשה סקר מקיף כזה.
מנתוני הלמ"ס ל2003 עולה תמונה אופטימית יותר מזו של 72%
'91 מבוגרי המכללות במגזר הממלכתי
ו-%66 מבוגרי המכללות במגזר הממלכתי-הדתי משתלבים בהוראה, 61% מהבוגרים בממלכתי ו-52% בממלכתי-דתי מתמידים בהוראה יותר מחמש שנים. אך שיעור המתמידים בהוראה מכלל התלמידים שהתחילו ללמוד במכללות עודנו נמוך 37%-51% בלבד, בשל שיעורי נשירה גבוהים מהלימודים במכללות.
מבקר המדינה מציע למשרד לקיים בהקדם סקר מקיף בעניין, שיסייע "להעריך טוב יותר את מספר המורים שיש להכשיר, ועל ידי כך, להביא לחיסכון בהוצאות על הכשרת מורים ולהפחתת שיעורם של בוגרי המוסדות שאינם משתלבים בהוראה".
אגודות הסטודנטים, שהן עמותות רשומות, ממומנות בשתי דרכים עיקריות: דמי החבר לאגודה ודמי הרווחה תשלום על שירותים כמו ייעוץ משפטי ושיעורי עזר שמעניקה האגודה. את שני התשלומים גובה האוניברסיטה מהסטודנטים עם שכר הלימוד. ועדת מלץ, שהמלצותיה אושרו בממשלה, קבעה כי לא ייגבו מסטודנטים תשלומי רשות אלה בלי הסכמתם. בדיקת המבקר העלתה כי באוניברסיטת בן גוריון ובטכניון נגבו דמי חבר באגודה גם מסטודנטים שלא התכוונו להצטרף אליה. בן גוריון חייבה לשלם גם את דמי הרווחה. אוניברסיטת תל אביב מסרה לסטודנטים שלה מידע לא נכון, שלפיו חברות באגודה מותנית בתשלום דמי הרווחה.
לפי הדו"ח, אין למעשה פיקוח על הכסף המגיע לאגודות. אוניברסיטאות תל אביב, בן גוריון והעברית, למשל, נותנות לאגודות הסטודנטים שלהן סיוע כספי בלי שייקבעו כללים בנוגע למטרותיו. בהסכמים שבין בר אילן ותל אביב לאגודות שלה