מבדיקת "הארץ" עולה, כי בחמש השנים האחרונות הציבור מימן בכמיליון שקלים את "פרויקט מדדי האיכות לרפואת הקהילה בישראל", במסגרתו נבדק התפקוד והטיפול הרפואי של קופות החולים כללית, מכבי, מאוחדת ולאומית. זה הסקר הראשון בתולדות מערכת הבריאות בישראל, שבודק באופן השוואתי את תפקודן הרפואי. הסקר, שאין חולק על חשיבותו, בוצע על ידי חוקרים באוניברסיטת בן גוריון בראשותו של הפרופ' אבי פורת.
במסגרת הסקר העבירו הקופות נתונים על מבוטחיהן, ונבדק בין השאר הטיפול הרפואי בחולי הסכרת והאסטמה. כמו כן, נבדק ביצוע בדיקות ממוגרפיה לאיתור סרטן השד וחיסון נגד שפעת. השנה יתווספו לסקר מדדים נוספים.
בניגוד לחלק מהמדינות המערביות, משרד הבריאות אינו מחייב את הקופות להשתתף בסקרים מסוג זה, כפי שאינו מחייב את בתי החולים להשתתף בסקרים אלה. חלק מקופות החולים התנו את השתתפותן בסקר בחיסיון התוצאות ההשוואתיות, ואי העברתן למשרד הבריאות ולציבור. זאת, למעט התוצאות הכלליות הארציות שבהן אין זכר להשוואה בין הקופות, ואף אין התייחסות לשונות באיכות וברמת הטיפול הרפואי בין אזורי הארץ השונים.
דרישת הקופות לשמור על חיסיון הממצאים התקבלה בנובמבר 1999, בעת שהפרופ' שוקי שמר כיהן כמנכ"ל משרד הבריאות. שמר מכהן כיום כמנכ"ל קופת חולים מכבי.
בנובמבר 2003 מונה הפרופ' אבי ישראלי כמנכ"ל משרד הבריאות, אבל גם מאז מינויו לא שונתה ההחלטה לשמור על חשאיות הממצאים בפני משרד הבריאות והציבור.
זו אינה הפעם הראשונה שהנהלת המשרד מסכימה להסתיר מעצמה ומהציבור תוצאות השוואתיות בין מוסדות בריאות שונים. בדצמבר 2003 פורסם ב"הארץ", כי הנהלת המשרד הסכימה לקיים ולממן סקרים שתוצאותיהם יוסתרו ממנה. כך, למשל, הסכים המשרד שתוצאות סקר הטיפול בבתי החולים הפסיכאטריים יוסתרו מהנהלת המשרד ואף מראש שירותי בריאות הנפש במשרד, למרות שמהסקר עלו ממצאים קשים על יחס משפיל ומחפיר לחולי נפש בחלק ממחלקות בתי החולים הציבוריים.
לדברי בכיר במערכת הבריאות שמקורב לפרשה, בנובמבר 2004 תיכנן משרד הבריאות מסיבת עיתונאים שבה היה אמור שר הבריאות דני נוה להציג את תוצאות הסקר, ואולם לדבריו מסיבת העיתונאים בוטלה, בין השאר בגלל שלנוה נודע כי המשרד בראשותו הסכים שההתוצאות ההשוואתיות יוסתרו ממנו, וכי הוא יקבל רק תוצאות כלליות של כלל המדינה. לאחר ביטול מסיבת העיתונאים המשרד לא יזם כל פרסום של תוצאות הסקר לציבור.
סיבה נוספת לביטול מסיבת העיתונאים היתה איום מצד קופת חולים לאומית, כי תבטל את ההשתתפותה בסקר בגלל חששה מפגיעה בחיסיון תוצאותיו. במכתב שכתבה הנהלת הקופה בדצמבר 2004 לעורכי הסקר, נטען כי הניסיון ליישם את תוצאות הפרויקט בתקצוב קופות החולים ופרסום התוצאות לקהל הרחב "פסול מעיקרו".
לדברי בכיר במשרד הבריאות, ההסכמה והגיבוי של הנהלת המשרד לעריכה ולמימון של סקר שתוצאותיו המלאות יוסתרו, וההסכמה של הנהלת המשרד שלא לדעת מה הם ההבדלים ברמת ובאיכות הטיפול הרפואי בין הקופות, מהווה פגיעה קשה ביכולת המשרד לשמור על בריאות הציבור וביכולתו להגן עליו מפני טיפול רפואי כושל. לדבריו, מדובר בהחלטה ובמדיניות פסולה מבחינה ציבורית, שמעלה שאלות חמורות ביותר על תפקודה של הנהלת המשרד ויכולתה להמשיך בתפקיד.
הסקר שמשווה את הטיפול הרפואי בין קופות החולים מבוצע מ-2000 על ידי הפרופ' פורת, מנהל המחלקה למדיניות רפואית בקופת חולים כללית, וביחד עם הפרופ' גדי רבינוביץ' וענת רסקין סגל מאוניברסיטת בן גוריון בבאר שבע. הסקר ממומן במשותף על ידי תקציב מיוחד במשרד הבריאות ומתקציב של המכון הלאומי לחקר שירותי ומדיניות הבריאות בישראל; זה המכון המרכזי בישראל לחקר מערכת הבריאות שתקציבו מגיע מהעברה שנתית של כתשעה מיליוני שקלים - שיעור קבוע (עד פרומיל) של כספי מס הבריאות, כפי שנקבע בחוק ביטוח בריאות ממלכתי.
לדברי הפרופ' פורת, הקופות נכנסו לפרויקט באופן וולנטרי, ולדבריו הקופות אכן היתנו את השתתפותן בשמירה על חיסיון הנתונים ההשוואתיים. לדבריו, בעתיד תתקבל הסכמה של הקופות לפרסום פומבי של התוצאות ההשוואתיות של הסקר, כפי שהוא חושב שראוי ונכון לעשות. לדברי בכירים במערכת הבריאות, התנגדות הקופות לפרסום הנתונים ההשוואתיים תימשך גם בעתיד.
מהנהלת משרד הבריאות נמסר, כי "בשום שלב לא נקבעה מסיבת עיתונאים, וממילא לא בוטלה. כוונת הפרויקט היא לקבוע מדד אחיד שקופות החולים תהיינה חייבות להגיע אליו וכך תימדדנה מידת השקעתן והתייחסותן לשמירה על בריאות המבוטחים. הפרויקט מתבצע כמתוכנן, ורק ב-2006 הוא ישפיע על שיעור הקצאת הכספים לקופות החולים". עוד נמסר, כי "הפרטים אינם חסויים בפני שר הבריאות או מנכ"ל המשרד".