הקבלנים שזכו במכרזים לבניית גדר ההפרדה סופגים בחודשים האחרונים הפסדים של מיליוני שקל, בשל עיכובים בעבודות ובשל שינוי תוואי הגדר - כך טוענים בהתאחדות הקבלנים. ההתאחדות מתכוונת לפנות למשרד הביטחון ולפעול לשינוי מנגנון התמחור החוזי, כך שיימנעו הנזקים בזמן שהעבודות לא נעשות.
נשיא התאחדות הקבלנים, אהרון כהן, טוען כי בסיור של משרד הביטחון לפני פרסום המכרז לביצוע שלב ב' של גדר ההפרדה, שמו המזמינים דגש רב על הספקים ומהירות ביצוע. היה ברור לצדדים, כי העבודה צריכה להיעשות במהירות ו"בהילוך גבוה". הדרישה לביצוע מיידי ומהיר מתבטאת גם בעובדה שבמכרז נבחרו חברות מחליפות, המצויות בהמתנה ושניתן להזניקן במהירות לעבודה, אם הקבלן שזכה במכרז לא עומד בדרישות. הקבלנים שזכו במכרז העמידו לפרויקט מלאי של ציוד וכוח עבודה כדי לעמוד בדרישות הדחיפות.
לדברי הקבלנים, בגלל אילוצים משפטיים, ביטחוניים ואחרים, מתנהלת העבודה באיטיות רבה. לאחר מתן צו התחלת עבודות נעשתה עבודה בהיקף זניח, ונעצרה. עוד בעיה שמזכירים בהתאחדות הקבלנים היא שההסכם מטיל את עלויות השמירה על הקבלן. עלויות אלו גבוהות ומגיעות ל-200 אלף שקל בחודש.
ממשרד הביטחון נמסר בתגובה, כי "המכרזים לתשתיות הגדר שפורסמו בשנת 2004 הם הסכמי מחירים, ויש למשרד הביטחון הזכות להזמין עבודות בהיקפים הנדרשים ויש גם הזכות שלא להזמין עבודות כלל. יש להדגיש כי מאחר שהחוזה הוא הסכם מחירים, לא קיימת כל עילה לתביעות נזקים בגין אי ביצוע העבודות. במכרזים אלו זכו 18 קבלנים שחלקם כבר נכנסו לעבודה וחלקם לא, בגלל מעיכובים סטטוטוריים, בעקבות פניות לביהמ"ש העליון. כשיתאפשר חוקית לבצע את העבודות, יופעלו הקבלנים בהתאם".