ביוני 2004 אישרה אסיפת בעלי המניות של מבטח שמיר שכר שנתי ברוטו של 10.39 מיליון שקל למאיר שמיר, או כ-716 אלף שקל בחודש, כך עולה מהדו"ח הכספי שפירסמה החברה ל-2004. בכך הוא חולף על פני אורי יהודאי מפרוטרום, שעלות שכרו השנתית הסתכמה בכ-9.2 מיליון שקל.
מעבר למיקום בטבלאות השכר, המקרה של שמיר יצוא דופן מבחינה נוספת: מתוך הסכום שאושר לו, המנכ"ל, היו"ר ובעל השליטה בחברה החליט לתרום סכום של 1.8 מיליון שקל למימון מלגות לסטודנטים משכבות מצוקה. לפיכך, נרשמה בדו"חות מבטח שמיר הפרשה של 1.8 מיליון שקל לתרומות.
אם להתחשב בשכרו של שמיר ב-2003, הרי שעלות שכרו בשנתיים האחרונות בניכוי התרומה הסתכמה ב-12.5 מיליון שקל. החישוב על פיו קיבל שמיר את הסכום כולל 77 אלף שקל לחודש, מענק שנתי של 7% מרווחי החברה לפני מס, וכן תוספת חלקה של החברה ברווחים בחברות מוחזקות. ההסכם הנ"ל תקף לשמיר עד שנת 2011. במידה שיפרוש, יהיה זכאי שמיר לשנה נוספת עם אותם תנאים כמענק הסתגלות.