עם סיום עיצומי העובדים בבנק ישראל, מונתה ד"ר קרנית פלוג לחברת הנהלה ולמנהלת מחלקת המחקר בבנק ישראל. פלוג מלאה תפקיד זה בפועל בשנה האחרונה.
פלוג הצטרפה לבנק ישראל ב-1988 ככלכלנית במחלקת המחקר, ולפני כן עבדה במשך 5 שנים בקרן המטבע הבינלאומית.
פלוג למדה לתואר ראשון ושני באוניברסיטה העברית בירושלים, וקיבלה את הדוקטורט באוניברסיטת קולומביה בארה"ב. בשנים 1994-1996 עבדה פלוג ככלכלנית בכירה בבנק הבין אמריקאי לפיתוח בוושינגטון.