בפרק בדוח העוסק בסיכום התקציבי על תקציב הביטחון לשנים 2015 עד 2020 מותח מבקר המדינה ביקורת חריפה על ההתנהלות ה"סוליסטית" של אגף התקציבים באוצר: "אגף התקציבים ניהל משא ומתן בנושאי שכר וגמלאות שיש להם משמעויות כספיות גדולות והשלכות רוחב ללא תיאום ושיתוף אגף הממונה על השכר, אגף החשב הכללי, אגף שוק ההון ורשות המסים - זאת למרות שהסיכום עוסק בהסדרת שורת נושאים הנמצאים באחריותם של אגפים אלה ובתחומי מומחיותם המקצועית", נכתב.
מדובר בהסכם כחלון-יעלון המסדיר שורת נושאים הקשורים לתקציב הביטחון למשך חמש שנים (2015-2020) ועוסק בתקציבים בהיקף כולל של יותר מ-300 מיליארד שקל. למרות מורכבותו של ההסכם, היקפו הכספי האדיר והמשמעויות הרוחביות נוהל המו"מ באופן בלעדי על ידי סגן הממונה על התקציבים נוח הקר, בגיבוי הממונה אמיר לוי. ב-18 בנובמבר הוכנה טיוטת הסכם שכללה הבנות וסיכומים בנושאים רבים ובהם התוספת לתקציב הביטחון ב-2015, מתווה לגובה תקציב הביטחון עד 2020, שינויים מבניים בתקציב, העלאת שכר חיילי החובה, וצעדים להגברת השקיפות והבקרה על ההתנהלות התקציבית של מערכת הביטחון. לאחר שבנושא הגמלאות לא הושגה הסכמה התערב במו"מ שר האוצר משה כחלון ומינה את מנכ"ל האוצר שי באב"ד "להגיע להכרעות".
באב"ד, שקיבל הערות לטיוטת ההסכם מהחשבת הכללית מיכל עבאדי בויאנג'ו ומהממונה על השכר דאז קובי אמסלם, ערך במשך יומיים דיונים בהשתתפות השניים, לוי והיועץ המשפטי של המשרד - דיונים שהתנהלו בטונים גבוהים מאוד ובהם - כפי שנחשף ב"גלובס" איימה החשבת הכללית לפנות ליועץ המשפטי לממשלה נגד לוי והקר.
"הסיכום גובש ללא שיתוף או ידיעה של אגף החשכ"ל", מסרה למבקר המדינה החשבת הכללית, "למרות שלפי החלטת הממשלה 4088 אגף החשכ"ל הוא האמון על ביצוע בקרות על נתוני השכר והגמלאות בצה"ל והינו גורם מקצועי קריטי בעל ידע וכלים לבחינת הסכמי שכר גמלאות ואקטואריה של צה"ל הדרושים לצורך גיבוש הסיכום". אמסלם טען כי האגף שבראשו הוא עומד "מודר" מהמו"מ וכן כי "חוסר המקצועיות של אגף תקציבים בתחומי השכר והגמלאות בולט בניסוח סעיפי הסיכום הכוללים ויתור על טיפול בבעיות עיקריות בנושא הטבות השירות והפרישה מצה"ל וכן כי להסכם השלכות רוחב על יתר כוחות הביטחון הנהנים מהסדרים זהים".
אגף התקציבים טען בתגובה כי "סיכום תקציבי (כמו סיכום זה) הינו אחד הכלים המשמשים את אגף התקציבים לתכנון והתוויית מדיניות בהתאם למדיניות שנקבעת על ידי שר האוצר... כמו כן, בנושאים הקשורים ליתר האגפים, בנוסף למידע ולניתוחים הקיימים ברשותנו, נסמכנו על מידע וניתוחים שהתקבלו מיתר האגפים".
באב"ד מסר כי "לא ידעתי שבמסגרת המו"מ נידונו גם נושאים שאינם תקציביים ושאינם בתחום הסמכות של אגף התקציבים במשרד האוצר. וגם לא ידעתי שהמו"מ נערך בלי לשתף גורמים מהחשכ"ל, אגף השכר והסכמי עבודה והייעוץ המשפטי". בעקבות הדיונים אצל באב"ד, הוחלט על הכנסת 32 שינויים בטיוטת הסיכום לפני שנחתם על ידי שר האוצר.
למעשה, דוח המבקר מאמץ כמעט באופן מלא את טענות החשבת הכללית באוצר מיכל עבאדי בויאנג'ו נגד משרד הביטחון וצה"ל על נתונים חלקיים ולא אמינים שהעבירו ונגד אגף התקציבים באוצר, על אי-שיתוף הגורמים המקצועיים האחרים באוצר במו"מ להסכם על תקציב הביטחון. עם זאת המבקר גם מעיר לחשכ"לית על כך שלא העבירה לצה"ל חלק מהמידע שהצבא היה זקוק לו. הגורם הבכיר היחיד שיוצא מהדוח ללא דופי הוא קובי אמסלם, ששימש עד לחודש מאי האחרון בתפקיד הממונה על השכר באוצר.
בעקבות הפרשה שב מבקר המדינה וחוזר על קריאתו להסדיר את חלוקת הסמכויות הפנימית באוצר ואת סמכויות המנכ"ל בנושאים הדורשים שיתוף פעולה בין כמה אגפים.